Родился в семье учителя казённого еврейского училища Арона Хавкина и его жены Розалии Дувид-Айзиковны Ландсберг, дочери учителя древнееврейского языка в том же училище Дувида-Айзика Абрамовича Ландсберга. 

В 1884 году окончил Новороссийский университет (ныне — Одесский национальный университет имени И. И. Мечникова) в Одессе, где его учителем был Илья Мечников,
 
В 1888 году Хавкин последовал за Мечниковым в Швейцарию и занял должность приват-доцента Лозаннского университета. 

В 1889 году он по рекомендации Мечникова стал сотрудником Пастеровского института в Париже. 

​

К 1892 году Владимир Хавкин создал первую эффективную вакцину против холеры, доказав на самом себе её безопасность для человека.

​

В начале 1893 года Хавкин отправился в Индию в качестве государственного бактериолога и немногим более чем за два года, наладив производство вакцины, лично участвовал в вакцинации свыше 42 000 человек. В результате, среди прошедших вакцинацию заболеваемость холерой и смертность от неё сократились в десятки раз. 

​

Прививки вакцины Хавкина стали после этого массовыми и применяются в улучшенном виде до сих пор.

​

Эпидемия чумы поразила в 1896 году второй по величине город Индии Бомбей и его окрестности. Прибыв туда по просьбе властей, Хавкин в кратчайшие сроки создал первую эффективную противочумную вакцину, снова доказал

её безопасность вначале на себе, а затем в течение нескольких

лет непосредственно участвовал в вакцинации населения.

​

В 1904 году вернулся в Швейцарию.

​

 В 1920 году он становится членом центрального комитета Всемирного еврейского союза (Альянса)

​

С 1928 года Хавкин постоянно жил в Швейцарии, в Лозанне.