С 1982 года работает в Институте Вейцмана.

​

Создал алгоритмическую отладку программ (Algorithmic program debugging).

​

В 1993 году основал и стал генеральным директором Ubique — израильским интернет-разработчика программного обеспечения. Позднее компания была продана IBM.

​

Активный создатель ДНК-компьютера. 

ДНК-компьютер — вычислительная система, использующая вычислительные возможности молекул ДНК.

​

В 2002 году учёные из Института Вейцмана представили программируемую молекулярную вычислительную машину, состоящую из ферментов и молекул ДНК.

​

В 2003 году сотрудники лаборатории биомолекулярных компьютеров института Вейцмана во главе с профессором Эхудом Шапиро объявили о создании новой модели биомолекулярной машины, которая вообще не требует наружного источника энергии и работает в 50 раз быстрее, чем её предшественники.

​

 Шапиро является основателем группы Ba Rock Band

Группа Ba Rock исполняет музыку в стиле барокко так, что она

интересна и актуальна для современной публики.