Эллисон родилась в семье Ларри Эллисона и его бывшей жены Барбары Бут.
Ее отец еврейского и итальянского происхождения.
У неё есть старший брат — продюсер Дэвид Эллисон (род. 1983).

​

Эллисон получила свой первый фильм в 2005 году в качестве оператора короткометражного фильма «Когда все остальное терпит неудачу», триллера, написанного и снятого ее братом Дэвидом Эллисоном.  

​

Начала свою карьеру в кинобизнесе в 2006 году

​

2 апреля 2011 года в Лос-Анджелесе, штат Калифорния Меган Эллисон

основала компанию Annapurna Pictures.

Компания продюсировала и/или финансировала фильмы «Беззаконие»,

«Мастер», «Убивая их мягко», «Ноль темных тридцать», «Весенние каникулы», «Гроссмейстер», «Она», «Охотник на лис» и «Афера по-американски», а также «Радость», «Колбасная вечеринка», «Венская собака», «Женщины 20-го века», «Все хотят немного!!».

​

В 2014 году она стала первой женщиной и четвёртым человеком в мире, получившей сразу две номинации на премию «Оскар» в номинации «Лучший фильм» («Она» и «Афера по-американски»)

​

В 2014 году она попала в список «100 самых влиятельных людей в мире» по версии журнала Time.