Эйснер родился в богатой светской еврейской семье 
    Его мать, Маргарет (урожденная Дамманн), чья семья основала компанию American Safety Razor Company, была президентом Института Ирвингтона, больницы, в которой лечили детей с ревматической лихорадкой. 
    Его отец, Лестер Эйснер-младший, был юристом и региональным администратором Министерства жилищного строительства и городского развития США. 
    Его прадед Зигмунд Эйснер основал очень успешную компанию по производству одежды, которая была одним из первых поставщиков униформы в Бойскауты Америки и его прабабушка Берта Вайс принадлежали к семье иммигрантов, которая основала город Ред-Бэнк, штат Нью-Джерси. 

​

Майкл работал на NBC в качестве мелкого служащего, а затем и клерка. 

В дальнейшем он работал на CBS и после сокращения перешёл на ABC.

В течение нескольких лет он был менеджером по составлению сетки вещания ТВ программ и впоследствии стал вице-президентом по планированию прайм-тайма канала.

​

В 1976 году он устроился на студию Paramount Pictures.

​

В 1984 году Майкл Эйснер был приглашён председателем The Walt Disney Company,

​

 1 февраля 1989 года Майклом Эйснером и тогдашним главой студии Джеффри Катценбергом, была основана компания Hollywood Pictures. 

​

В 2005 году Майкл Эйснер подал в отставку с поста

председателя The Walt Disney Company,

​

С 2006 года по 2009 год вёл своё собственное шоу «Беседы с Майклом Эйснером» 

​

Майкл Эйснер принимал участие в продюсировании таких фильмов, как «Лихорадка субботнего вечера», «Бриолин», кинофраншиза «Звездный путь», «Обычные люди», «В поисках утраченного ковчега», «Офицер и джентльмен», «Танец-вспышка», «Нежность», «Полицейский из Беверли-Хиллз», «Кто подставил кролика Роджера», «Русалочка» и «Свободные ноги», 

 

Эйснер - член Зала славы телевизионной академии с 2012 года.